Binnen de PNS wordt op verschillende manieren en niveaus samengewerkt met privacy gevoelige informatie waar zorgvuldig mee moet worden omgegaan. Op 25 mei 2018 is de Algemene Verordening Gegevensbescherming (AVG) in werking getreden. Landelijk zijn richtlijnen en aandachtspunten geformuleerd waarmee zorgverleners in de prenatale screening kunnen zien hoe zij conform de AVG kunnen werken in Peridos en binnen de PNS.
SPSRM is verantwoordelijk voor de beveiliging van gegevens in Peridos, vanaf het moment dat deze worden aangeleverd door de deelnemende zorginstellingen. De zorginstellingen zijn zelf verantwoordelijk voor het veilig omgaan met gegevens binnen de eigen praktijk en de eigen informatiesystemen.
Er is geen expliciete toestemming nodig van de zwangere voor het aanleveren van gegevens aan Peridos. Gegevensverwerking in Peridos is inbegrepen in de deelname aan de prenatale screening. Een zwangere kan wel bezwaar maken tegen het aanleveren van gegevens in Peridos, de zorgverlener kan dan een verzoek tot anonimiseren in Peridos indienen. Zie hieronder de link naar een korte handleiding.